O Colégio Cedros iniciou a sua actividade em Outubro de 1979. Pretendia ser uma alternativa de qualidade no panorama educativo português de então, fortemente marcado por batalhas ideológicas e por reformas sucessivas.

Os pais fundadores do Colégio, inspirados por S. Josemaria Escrivá, fundador do Opus Dei, pretendiam nas suas escolas conciliar a excelência académica com uma formação humana de qualidade e com uma vivência espiritual profunda. No entanto, o seu aspecto mais marcante foi a ideia de escola como extensão da acção educativa da família, criando uma verdadeira comunidade que transborda os limites físicos das instalações. Conservou, desde o seu arranque, a educação diferenciada como meio de potenciar a formação académica e pessoal dos rapazes.

Em 1983, o Colégio mudou-se para as suas actuais instalações, à entrada da Ponte da Arrábida, que foram sendo ampliadas e reformadas: além de um segundo edifício de aulas, foi acrescentado um pavilhão polidesportivo, um outro espaço polidesportivo ao ar livre e, desde 1999, a valência de Pré-Escolar.

Consolidado do ponto de vista físico, o crescimento dos últimos anos passou por um grande reforço na área tecnológica e, como desde os começos, na formação dos professores e dos colaboradores não docentes.